En diciembre de 2011 Moisés Muñoz firmó por el Club América a petición del Director Técnico Miguel "El Piojo" Herrera, quien ya lo había dirigido en el Atlante5 durante el Clausura 2012. Sería en el Clausura 2013 en el que lograría su segundo título en su carrera, esta vez con las Águilas en una final cerrada ante Cruz Azul, donde anotó el gol del empate global de cabeza en el minuto 93 para alargar el partido a tiempos extras,3 1 además de atajar un par de penales a los cementeros en la tanda de definición